El proceso de manejo de los recursos naturales y la biodiversidad en las áreas protegidas (AP) en el ámbito de las regiones autónomas de la costa caribe nicaragüense y en particular en los territorios indígenas y afrodescendientes, es un ejercicio concebido bajo el enfoque de “manejo conjunto” el cual debe asegurar una amplia participación de las diversas instituciones y actores involucrados en el uso sostenible y conservación, que se sustenta en la gobernanza multiniveles (interinstitucional) y las particularidades del régimen autonómico de cada institución en la regulación y control del acceso para el aprovechamiento.

La propuesta metodológica de manejo conjunto de las AP, parte de reconocer y posicionar los derechos autonómicos en la gestión de las áreas protegidas y el control del acceso a los recursos naturales desde el derecho a la libre determinación y el Consentimiento Libre Previo Informado (CLPI), por lo tanto se ha identificado una ruta que focaliza el manejo conjunto como un espacio de complementariedad de las instancias y las capacidades institucionales del gobiernos regional autónomo (GRA) a través de las Secretaria de Recursos Naturales y el Ambiente (SERENA) en coordinación con el MARENA y la unidad de Áreas Protegidas en la Dirección General de Patrimonio Natural, quienes facilitan la participación de los gobiernos territoriales indígenas (GTI) como entes rectores de manejo de los territorios indígenas y afrodescendientes, así también destaca el papel de asistencia técnica de diversos grupos o sectores de trabajo regionales que constituyen las plataformas de concertación interinstitucional del sector ambiental y los recursos naturales.